到了年10月29日，牛顿终于接任了有名望的鲁卡斯教授这个职务，到他53岁，这26年间，他一直担任这个职务。鲁卡斯教授的工作，只是给学生讲几堂课或作辅导，占用的时间很少，其余大量的时间，可以搞自己的科学研究。牛顿最初给学生讲光学，以后又担任了代数和引力的课程，不过一周只教一次课。所以，牛顿很轻松。这位年轻教授讲课的内容很深，对当时的学生来说是不易理解的，所以，听课的人寥寥无几。但是，不管牛顿的研究工作多么忙，他总是在规定的时间准时上课。在时间上、经济上都很充裕的牛顿，就更全力以赴地搞科学研究了。他埋头于科学研究的时候，对日常生活丝毫也不介意。他饮食非常简单，常是饥一顿饱一顿的。夜里.当他研究得起劲时，经常干个通宵，直到东方已经发白。
这些日子里，在学校里流传着这样一个新闻。“听说牛顿把怀表煮了个半熟。”“什么，那是怎么回事？”“这是3天前的事呢。给牛顿做饭的老太太，有点事要出去一趟。她让牛顿自己煮鸡蛋吃。她说：‘鸡蛋放在桌子上了’，然后就走出去了。”“后来，又怎么啦？”“可是，老太太知道，这样的事，牛顿是不往心里去的。老太太怕他煮个没完，把鸡蛋煮老了，让他看着表煮。她还特意要出牛顿的表，把它放在鸡蛋的旁边，才放心地走了。”“真是个细心的老太太啊！”“可是，不一会儿，等老太太回来一看，却吓了一跳。”“究竟是怎么回事？”“鸡蛋还在原处没动。在咕嘟咕嘟直冒热气的水里，煮着的却是一只怀表。而牛顿却站在旁边聚精会神地计算着什么。”“噢！这就是把怀表煮了个半熟的新闻啊！”这个传闻也正好说明了，那时候的牛顿，是多么热心于科学研究啊！
牛顿除了科学研究之外\对任何事情都漫不经心，过着没有规律的生活。他却没有得过一次大病。但是，他还不到三十岁，却巳经是满头白发了。从这些方面来看，牛顿好像是个脾气古怪而又缺乏生活常识的学者。可是，在平时，牛顿却是个善于接人待物，很能体贴别人的人。随着英届科学的发展，当时第一流的学者都感到有成立学会的必要。所说的学会，就是学者们定期聚会在一堂，交流新的发现，讨论各种议题的一个组织机构。因为英国国王查尔斯二世对科学很感兴趣，所以，非常高兴地赞成成立这么一个学会。I年，英国创立了皇家学会。因为国王亲自参加了这个学会，所以叫做皇家学会。学会创建以前，每次开会，顶多也不过是有四五名对科学有兴趣的人参加讨论。但是，学会成立后，有人主持会务，并且发行了专业刊物，对科学研究起了很大的推动作用。
从那以后，皇家学会的组织规模，不断地发展起来，成为世界性的学会。因此，能当上这个学会的会员，是科学家的最大荣誉。牛顿做了一架新的望远镜，不知什么时候，竟成了学会的议题了。因为学会一定要看，加上牛顿也是这种想法，牛顿又动手做了一架比原来6英寸长的小望远镜大得多的新型反射望远镜，送到学会去了。“这真了不起！”“这架望远镜，将对今后科学的发展起很大的作用。“牛顿虽然年轻，可是他的确桌个热心科学研究的人。”这架望远镜得到了极高的评价。这件事也传到了国王查尔斯二世的耳朵里，所以也给国王看了，并受到了国王的夸奖。“做得好极了，希望以后要大力从事研究啊！”至今，这架望远镜，还在英国皇家学会的图书馆里精心地保存着。由于牛顿的望远镜的科学价值被大家承认了，所以，在年，他被推者为英匡皇家学会的会员。
这个刚刚才29岁的学生，竟以学者的身份，获得了I高荣誉。性情孤僻，脾气古怪，对什么都满不在乎的牛顿，也从内心里感到高兴。牛顿当时给学会的干事奥尔登“巴格写了一封信，信中写道：“我发明了这架望远镜，得到了学会的承认，这是我意想不到的。事实上，连我本人也没有认识到它有这么大的价值。”“这一次被推荐为皇家学会的候补会员，我深深感觉到无比荣幸。为了表达我的谢意，我愿意把自己研究的一篇论文提交学会，虽然它的内容是肤浅的。”1月31日，牛顿被选为正式会员之后，立即把论文寄出。那是用三棱镜分析研究光和颜色的论文。这篇论文，虽然得到了学会的承认，但是也遭到了一部分学者的强烈反对。尽管牛顿做了种种说明，可是，怎么也不能使反对派理解。因此，牛顿渐渐地烦躁起来。这场争论持续了两年时间，牛顿感到厌烦极了。
当时，他写给一位朋友的信中说：“因为我发表了先前的论文，引起了许多非议，使我精神上受到沉重的打击。我失去了平静而有意义的幸福生活，而被这无聊的争吵，弄得心烦意乱。这真是无聊透顶，我越来越后悔，不该轻率地发表那篇论文。”牛顿认为被这无聊的争论，夺去了宝贵的时间，太可惜了。从那以后，他决心不再发表新的研究论文了。当时，在德国有一个天才的数学家莱布尼兹。他本来是一个外交官，而不是什么学者。但是，他从小就学数学，学哲学，还发表过一些很出色的论文，表现了卓越的才能。后来，这位莱布尼兹开始研究微积分的传说，传到了皇家学会。学会的干事们极力地劝牛顿说，如果还拖拖拉拉地不发表那篇数学论文，那么，微积分的发明者这一荣誉，势必让莱布尼兹夺去了。可是，牛顿曾经因为光学争论而大伤脑筋。
所以，他想如果再发表论文，又重新卷入争论的漩涡里去，那就太糟糕了。因此，他对这种劝告怎么也听不进去。牛顿又躲在研究室里专心致志地开始了科学实验。在他房间的地板上，乱七八糟地摆着蒸馏器啊、坩锅啊、风箱啊、水缸啊、瓶子等。瓶子里装着各种药品。现在牛顿热心研究的是炼金术。这里所说的炼金术，就是从铅或者水银那些金属里提炼*金的技术。这种想法的根据是，各种物质都是由少数几个基本元素，复杂地组合而成的。古希腊有个叫亚里士多德的人，他认为一切物质都是由空气、水、土，再加上火四种元素构成的。后来，一些炼金师认为，所有物质都是由硫*和水银以及盐这三种元素构成的。因此，把这些物质适当地掺在一起，使它们结合起来，就能变成*金啦、长生不老药啦等等人们所喜欢的东西。
现在看起来，这种想法太荒谬了，是根本不能实现的。但是，牛顿从这些实验中，了解了一些金属和药品的性质，为近代化学的诞生，打下了基础。牛顿在上中学的时候，是在克拉克大叔药店的二楼上度过的，做过一些简单的化学实验。所以牛顿对炼金术也非常关心。炉子里的火，一天接一天地不停地燃烧着。把装着水银的坩锅放在火里，目不转睛地盯着。他头发乱蓬蓬的，眼睛里充满了血丝。牛顿呆在实验室里巳经一个多月了。可是，始终也没有得到预期的结果。牛顿到底在想什么呢？他和大多数科学家想的一样，他也认为物质是可以自由变化的。像铁那样的固体，一加热，它就渐渐变热，并且发出光来。另外，物质一旦被光照射，就能把光吸收进去而产生热。根据这些现象，牛顿考虑到物质和光是不是可以相互转化的问题。